Skolen blev dannet i 1998 i forbindelse med, at den daværende Jernløse Kommune lukkede den lokale folkeskole i Sdr. Jernløse. En række engagerede forældre ønskede at bevare en skole i lokalområdet, og erhvervede kommuneskolens bygninger og tilhørende grund. Den gang som i dag har skolen et tæt samarbejde med Holbæk lille Skole.
Lilleskolen startede i august 1998 med 27 elever og 6 ansatte.
I 2002 købte skolen et nærliggende areal på ca. 9.000 m2. Arealet er benævnt ”Idasletten” og anvendes som friluftsklasserum.
I august 2012 er børnehaven Det ny Børnehus kommet til.
Eleverne kommer fra både lokalområdet og de omkringliggende områder, herunder bl.a. Holbæk. Skolen har tætte relationer til lokalområdet, herunder et tæt samarbejde med ”Børnehuset” og
Sdr. Jernløse Kirke. Skolen bruges også flittigt udenfor skoletiden af foreninger og private.